在家人的支持下，莫德里奇加入了扎达尔当地的一家球队接受足球培训。在这里，莫德里奇成长迅速。在展现了自己的足球才华后，2001年莫德里奇参加了在意大利的国际青年锦标赛 ，并凭借着精湛的球技得到了克罗地亚豪门萨格勒布迪纳摩队的邀请函，他也正式开始了自己的职业足球生涯。2003-04赛季，在莫德里奇18岁的时候，萨格勒布迪纳摩将其租借至波黑超级联赛的莫斯塔尔兹林伊斯基足球俱乐部。该赛季，莫德里奇在波黑超级联赛中出场22次，攻入8粒进球，当选波黑超级联赛足球先生。

2005年，莫德里奇租借期满，回到萨格勒布迪纳摩。从2005-06赛季开始，莫德里奇成为萨格勒布迪纳摩阵中的主力球员，球队也与他签署了一份为期长达10年的合同。2005-06、2006- 07、2007-08赛季，莫德里奇帮助球队连夺3届克罗地亚联赛冠军，自己也于2007年、2008年两度被评选为克罗地亚足球先生。

2008年欧洲杯前夕，莫德里奇已经是转会市场上的抢手货，被誉为“新克鲁伊夫”。几经权衡之下，莫德里奇认为北伦敦的热刺是最合适的球队，魔笛就这样前往白鹿巷。

但是这笔交易随后引发了一系列的事件，也让莫德里奇蒙羞。事情的经过是这样的，马米奇是克罗地亚的足球经纪人，莫德里奇也是马米奇的客户。2008年，莫德里奇从萨格勒布迪纳摩转会热刺，马米奇不法侵吞了巨额转会费，他个人获得的收入甚至比迪纳摩俱乐部还多。

2015年，这一黑幕曝光，马米奇遭到警方逮捕，最终被法院判处监禁六年半。但是莫德里奇在作证时却表示不记得当时的具体收入和合同细节，这潜台词无疑是告诉世人，自己并不知道马米奇“趁火打劫”的事情，换言之就是马米奇罪名不成立。所有球迷和媒体都认为莫德里奇是马米奇的最大“帮凶”，这一切都伤了无数克罗地亚球迷的心。